個人ツールボックスにPuTTYなどの.exeファイルを追加するには、ツールボックスフォルダにファイルを移動してください。ツールボックスフォルダは標準で以下のパスに存在します:

クライアント内から個人ツールボックスのフォルダを開く、又はフォルダの保存先を変更することができます。

ツールボックスメニューにある「保存先を開く」のボタンをクリックすれば、ツールボックスフォルダが開きます。

ツールボックスメニューをクリックするまで、このフォルダは初期に存在しません。

お好きなツールをフォルダに移動した時点で、ツールボックスメニューに現れるはずです。